もと京都本圀寺の末寺。初め持正山・密勝寺と号し、真言宗の寺院であった。
弘長元年(1261)、住僧善妙が日蓮聖人との問答のすえ、改宗して弟子となり、名を善学院日妙と改め長正山妙勝寺と改称した。ゆえに善学院日妙を開基とする。
応永七年(1400)京都本国寺五世日伝より、板東総本寺の証状を付与され大いに発展していたが、天文年中(1532-54)兵火に罹り七堂伽藍を焼失したと伝える。
その後、織田・福島・徳川諸家の帰依を受け、江戸時代初頭には十九世日賢が再建に努めた。
また明治二十四年(1891)の濃尾震災によって、再び堂舎に被害を受けたが、四十六世日解が復興して現在に至っている。

1月元日	午前0時より除夜の鐘
1月1～3日	新年初祈祷
4月4日	永代供養会
8月17日	盂蘭盆会施餓鬼法要
10月13日	宗祖御会式