応永元年（1394）の創建。永徳年間に遠寿院日長上人がこの地に遊化し、先ず同村 長栄寺を開山し、次に当山 普門寺を開山する。

元禄時代に堂宇を再建。

享和、天保に堂宇を修築するも、明治２４年の濃尾大震災によって倒壊。

同26年に現在の本堂を再建し今日に至る。

現在48代目の住職が務める。

参拝すると目がよくなると伝えられている行学院日朝上人像を安置。

今でも参拝に訪れる人々が絶えない。